Guilda Pytlíci

De speciatie-gebeurtenis die puma classic suede deze lijnen scheidde, kan zich hebben voorgedaan in Noord- of Zuid-Amerika, waarbij de schatting van de moleculaire datering de eerste ondersteunt, aangezien deze eerder dateert van vóór de Great American Biotic Interchange (GABI) (ca. 2,5 3,5 MYA) en de impliciete kolonisatie van Zuid-Amerika door een vriend (Woodburne, 2010; Eizirik, 2012). Aangezien het geloofwaardigheidsinterval van deze schatting de timing van de GABI enigszins overlapt, is deze kwestie nog steeds niet volledig opgelost. Interessant is dat Barnett et al. (2005) leverde moleculair bewijs dat de uitgestorven Noord-Amerikaanse jongen Miracinonyx trumani de naaste verwant van de poema is, met een divergentie tijd geschat op 3,19 MYA.

Een nieuwe primerset voor dit gen is speciaal ontworpen voor carnivoren (Trigo et al., 2008), waarbij een langer fragment (ca. 750 bp) werd versterkt en succesvolle amplificatie werd vertoond over verschillende families (bijv. Felidae, Mustelidae, Mephitidae, Procyonidae [ongepubliceerde gegevens ]). In de huidige studie gebruiken we dit langere ND5-segment puma fenty slippers om de evolutionaire geschiedenis van P. concolor te onderzoeken, met de nadruk op Zuid-Amerikaanse populaties, waarvan eerder werd vastgesteld dat ze een hoge mate van diversiteit hadden en waarvan werd aangenomen dat ze een sleutelrol speelden in de historische demografie van deze soort (Culver et al., 2000).

Aangezien de geografische steekproef van Zuid-Amerikaanse puma slippers fenty poema's in die eerste studie beperkt was, wilden we hier de vertegenwoordiging van de verschillende regio's van dit subcontinent uitbreiden, zodat verfijnde gevolgtrekkingen van de populatiestructuur, maternale genstroom en demografische geschiedenis mogelijk waren. Naast het uitbreiden van de geografische dekking van Zuid-Amerikaanse regio's om gevolgtrekkingen op matrilineaire onderverdelingspatronen te verfijnen, hebben we nieuwe analyses uitgevoerd op de demografische geschiedenis van de poema, waaruit consistent bewijs bleek van een recente bevolkingsuitbreiding in Zuid-Amerika, voorafgaand aan de kolonisatie van Noord-Amerika Amerika.

Ten slotte was de beschikbaarheid van ND5-sequenties voor de uitgestorven felide Miracinonyx trumani (Barnett et al., 2005) een extra troef van dit segment, waardoor puma thunder desert dit fossiele taxon in sommige analyses kon worden opgenomen. Sequentie-elektroferogrammen werden visueel geïnspecteerd en bewerkt met Chromas Lite 2.01 of FinchTV 1.4.0. Sequenties werden uitgelijnd met het CLUSTALW-algoritme (Higgings et al., 1996) geïmplementeerd in MEGA 4 (Tamura et al., 2007), gevolgd door handmatige verificatie en bewerking. De resulterende nieuwe poema-sequenties werden gedeponeerd in GenBank (toegangsnummers).

Deze AMOVA's waren gebaseerd op twee monstersets: (1) alleen Zuid-Amerika (SA): en (2) de volledige steekproef van SA, Centraal-Amerika (CA) en Noord-Amerika (NA). Om de ruimtelijke patronen van genetische structuur in poema's te onderzoeken, beoordeelden we bovendien de correlatie tussen genetische en geografische afstanden voor alle paren van bemonsterde individuen met behulp van een Mantel-test (Mantel, 1967). Dit werd uitgevoerd met het programma Alleles in Space (AIS) (Miller, 2005), waarbij het aandeel van verschillen (d.w.z. een p-afstandsequivalent) werd gebruikt om de genetische afstandsmatrix en 10.000 permutaties te genereren om statistische significantie te beoordelen. We hebben ook AIS gebruikt om een   ruimtelijke autocorrelatieanalyse van de dataset uit te voeren, met behulp van 11 afstandsklassen, gelijkgemaakte steekproefgroottes over klassen en 10.000 permutaties om de significantie te beoordelen.

De tweede set Beast-analyses was gericht op het afleiden van de tijd van de meest recente gemeenschappelijke voorouder (t MRCA) van verschillende groepen monsters, en om de demografische puma dames geschiedenis van poema's te reconstrueren door schommelingen in het verleden in de populatiegrootte te schatten via de Bayesian Skyline Plot ( BSP) benadering (Drummond et al., 2005). We gingen uit van een Bayesiaanse skyline en een strikte moleculaire klok, waarvan de evolutionaire snelheid was gebaseerd op de schatting die was afgeleid van de eerste analyseronde. We hebben de MRCA beoordeeld op vier verschillende monstersets: (i) volledige steekproef; (ii) alleen Zuid-Amerika; (iii) Noord- en Midden-Amerika (NA NCA); en (iv) een subset van 24 NA NCA-monsters die een regionaal endemisch subclade vormden in het haplotype-netwerk, wat wijst op autochtone diversificatie (zie resultaten).